Le maintien et le rétablissement de populations de lynx viables sur les plans démographiques et génétiques nécessitent une approche à une échelle plus vaste, avec pour enjeu majeur la connectivité entre massifs. Même si une population est viable d’un point de vue démographique (200-250 individus dans le cas du lynx), un flux d’individus au sein d’une population plus importante est généralement nécessaire pour assurer cette viabilité génétique.

Dans les sous populations des Alpes du Nord-Ouest et du Jura, l'hétérozygotie est aujourd’hui de 41% et 53% respectivement en comparaison avec 63% dans la population d'origine des Carpates. Ces faibles variabilités génétiques et une différenciation prononcée par rapport à la population source des Carpates, indiquent une forte dérive génétique. 

Il n’y a pas actuellement de signe d’un déclin dans la population jurassienne ou alpine en lien avec une perte de diversité génétique, néanmoins des analyses conduites en Suisse montrent que la fréquence des souffles cardiaques potentiellement liés à des facteurs génétiques semble avoir augmenté dans les populations des Alpes et du Jura suisse et pourrait être un signe d’une dépression de consanguinité.