Les ruptures dans la continuité de cet habitat constituent des obstacles aux déplacements des individus qui limitent l’expansion des populations et les échanges entres les noyaux de populations. 

Les forêts des massifs des Alpes, du Jura ou des Vosges offrent des habitats favorables aux lynx en termes de qualité, mais ce sont la taille et la fragmentation de ces habitats qui limitent le développement des populations, la dispersion des individus et freinent la recolonisation. Les adultes sont capables de traverser des habitats suboptimaux ou des obstacles tels que des routes au sein de leur domaine vital ou en périphérie, mais les capacités de franchissement des subadultes en dispersion semblent plus limitées. De plus, la fragmentation par des infrastructures de transport, augmente les risques de collision.

La fragmentation des habitats réduit également les échanges d'individus entre les différents noyaux de population (inter et intra-massifs), essentiels pour maintenir un brassage génétique suffisant pour assurer la viabilité à long terme de l'espèce.