Un large éventail de maladies, infectieuses et non-transmissibles, a pu être mis en évidence chez cette espèce, notamment grâce aux travaux menés en Suisse, avec l’examen systématique des cadavres, ou des examens physiques, des prises de sang et des analyses parasitologiques des fèces effectués lors des captures de lynx. Le lynx est potentiellement porteur des maladies que l’on retrouve communément chez les autres félins, y compris domestiques, et en tant que prédateur, il est susceptible d’être contaminé au travers de ses proies. Le comportement solitaire du lynx pourrait toutefois réduire les risques de transmission de certains pathogènes.
Les maladies infectieuses peuvent représenter une part importante des causes détectées de mortalité (18 %-40 % en Europe). La gale, en particulier la gale sarcoptique est la maladie la plus fréquemment détectée parmi ces cas de mortalité. Des virus connus chez d’autres espèces de félins ont également été détectés de façon sporadique, comme la panleucopénie féline, la péritonite infectieuse féline, la maladie de Carré. Le virus de la rage ne suscite plus de préoccupation actuellement compte-tenu de la situation de la maladie en Europe et du fait que le rôle du lynx en tant que vecteur est considéré comme insignifiant. Des analyse menées en Suisse suggèrent aussi une émergence récente du virus de l’immunodéficience féline (FIV). Un cas de virus de la leucose féline (FeLV) a aussi été découvert chez un mâle venant du Jura neuchâtelois. Des contacts avec des chats domestiques pour les lynx vivants à proximité des habitations pourraient en faciliter la transmission.
Le lynx est aussi susceptible de s'exposer à des contaminants chimiques par l'intermédiaire de ses proies secondaires (lagomorphes, rongeurs), et des niveaux élevés ou un effet cocktail de plusieurs de ces éléments toxiques peuvent affecter la santé des individus. Plusieurs cas ont été rapportés d'intoxication secondaire par un anticoagulant (bromadiolone) utilisé dans la lutte contre les campagnols terrestres et des résidus toxiques (raticides à action anticoagulante ou à base de chloralose, insecticides) sont parfois retrouvés dans les analyses des cadavres de lynx.
Certaines expositions non létales à des produits toxiques peuvent engendrer une baisse de vigilance ou un affaiblissement favorisant par exemple l’augmentation des risques de collision.
L'ampleur de ces contaminations et les risques associés restent encore à déterminer pour les populations de lynx.
Jusqu’à présent, les maladies décrites chez le lynx ne semblent pas remettre en cause la survie à long-terme des populations. Le caractère solitaire de l’espèce limite le risque d’épidémie, la probabilité qu’un agent infectieux se maintienne dans la population est faible car les interactions intra-spécifiques sont rares. Néanmoins, des maladies mêmes mineures ou discrètes sont susceptibles d’influencer les paramètres démographiques. Ces effets peuvent être d’autant plus dévastateurs sur des populations de petite taille et fragmentées. Il est donc nécessaire de détecter précocement toute maladie susceptible d’avoir un impact sur des populations, en particulier dans le cas du lynx, la leucose féline et les parasitoses externes et internes.
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